Risalgono al periodo della frequentazione del giardino di San Marco le opere giovanili oggi conservate al Museo di Casa Buonarroti, ovvero la “Madonna della Scala” del 1491 circa e, di poco successiva, la “Battaglia dei Centauri”, due opere tra loro diverse, l’una è ispirata dallo stiacciato donatelliano, l’altra è un altorilievo che si rifà alla statuaria classica, ambedue senza dubbio di grande potenza espressiva e rivelatrici delle doti non comuni del grande genio di Michelangelo.
“…in questo tempo consigliato da Poliziano, uomo nelle lettere singulare, Michelagnolo fece in un pezzo di marmo datogli da quel signore la battaglia di Ercole coi centauri, che fu tanto bella che talvolta per chi ora la considera non par di mano di giovane, ma di maestro pregiato e consumato negli studi e pratico in quell’arte. Ella è oggi in casa sua tenuta per memoria di Lionardo suo nipote come cosa rara che ell’è, il quale Lionardo non è molti anni che aveva in casa per memoria di suo zio una Nostra Donna di basso rilievo di mano di Michelagnolo di marmo alta poco più d’ un braccio, nella quale sendo giovinetto in questo tempo medesimo volendo contraffare la maniera di Donatello si portò sì bene che par di man sua, eccetto che vi si vede più grazia e più disegno”. ( Le Vite, Giorgio Vasari)
Alla morte di Lorenzo il Magnifico, nel 1942, non risulta chiaro se Piero di Lorenzo de’ Medici, che gli succedette, mantenne l’ospitalità per il giovane Michelangelo nella loro casa e quindi dovette ritornare nella casa paterna, ma l’anno seguente, grazie all’interessamento di Piero, Michelangelo venne accolto in Santo Spirito dai frati domenicani dove aveva la possibilità di studiare l’anatomia, direttamente dai cadaveri, nello spedale attiguo al convento.
Come ringraziamento per questo periodo trascorso nel convento fiorentino, Michelangelo realizzò un Crocifisso ligneo che oggi è conservato nella Basilica di Santo Spirito posto al centro e sospeso nella Sagrestia di Giuliano da Sangallo. “Fece per la chiesa di Santo Spirito della città di Firenze un Crocifisso di legno, che si pose et è sopra il mezzo tondo dello altare maggiore a compiacenza del priore, il quale gli diede comodità di stanze; dove molte volte scorticando corpi morti per studiare gl’ebbe poi.“
Nel 1949 la calata dell’esercito francese condotto da Carlo VIII e il declino della politica dei Medici fecero precipitare la situazione con la cacciata dalla città e il saccheggio del palazzo di Via Larga e del giardino di San Marco mentre si instaurò un governo popolare sotto la guida del frate domenicano Savonarola che si scagliava contro la corruzione e la decadenza della chiesa, Michelangelo decise quindi di fuggire, prima a Bologna e poi a Venezia, per evitare di rimanere coinvolto nei disordini.