Condannato a morte per omicidio nel 1610 Michelangelo Merisi detto Caravaggio è in continua fuga dai suoi molti nemici. Papa Paolo V decide di verificare se sia possibile graziarlo; dell’indagine viene incaricato un misterioso inquisitore conosciuto come L’Ombra: il suo compito sarà scavare nella vita dell’artista e conversare con chi lo conosceva, per comprendere se l’uomo sia un folle o un genio.
L’indagine parte da Costanza Colonna, nobile protettrice del Caravaggio, che racconta come l’uomo, di umili origini, avesse manifestato sin da giovane il proprio talento, che aveva spinto la sua famiglia a finanziarne l’apprendistato. In seguito, Michelangelo si era spostato a Roma , dove aveva inizialmente frequentato gli ambienti artistici sviluppatisi attorno al Cavalier d’Arpino; tuttavia egli si era dimostrato presto insofferente ai dettami dell’arte manierista ed era andato in cerca di un linguaggio più personale: aveva perciò preso a frequentare l’ospedale di Santa Maria in Vallicella, dove aveva conosciuto una folla di reietti, prostitute e mendicanti. Affascinato dalle loro storie, aveva cominciato a prenderli come modelli per i propri quadri, facendogli interpretare di volta in volta santi, sante e perfino la Madonna.
Il modo rivoluzionario di “umanizzare” il divino guadagna a Caravaggio la simpatia di molti nobiluomini, tra cui i cardinali Francesco Maria del Monte e Scipione Borghese e il marchese Vincenzo Giustiniani, i quali gli commissionano molti dipinti che sono tuttavia costretti a tener nascosti per non incorrere nella censura; intorno all’artista si forma via via un circolo di pittori cui egli fa da maestro. Assieme alle amicizie, tuttavia, si aprono anche numerose rivalità, tra cui quella col pittore Giovanni Baglione (la quale gli comporta i primi guai giudiziari) e quella con Ranuccio Tomassoni, un prosseneta che ben presto diventerà suo acerrimo nemico. Caravaggio intratterrà infine diverse relazioni amorose, tra cui quelle con le prostitute Lena Antonietti e Anna, ciascuna delle quali finirà per fargli da modella.
Più cresce la fama di Caravaggio, più la Chiesa inizia a considerare le sue opere blasfeme e immorali, cosa che inasprisce il difficile carattere dell’artista. Quando Anna si suicida annegando nel Tevere, Michelangelo reagisce al grande dolore ritraendone il cadavere martoriato in un dipinto che desta scandalo per il crudo realismo: ha inizio il declino dell’artista, che culmina quando, in seguito a un banale litigio, egli uccide Ranuccio Tomassoni. Condannato alla decapitazione, il pittore fugge dapprima a Napoli e poi a Malta, dove grazie alle conoscenze di Costanza viene nominato cavaliere; le speranze di vedersi annullare la condanna vengono tuttavia meno a causa della sua condotta, che lo costringe a fuggire nuovamente a Napoli, dove subisce un tentativo di omicidio.
L’Ombra comprende quindi che a nascondere Caravaggio è Costanza, segretamente innamorata di lui; per convincerla a lasciarglielo incontrare, le dice che il Papa ha in realtà già firmato il salvacondotto per l’artista, e che desidera consegnarglielo. A Palo Laziale l’Ombra ha finalmente modo di conoscere Caravaggio: l’inquisitore gli promette salva la vita in cambio della rinuncia totale alla sua attività di pittore. Caravaggio, tuttavia, comprende che dietro quella richiesta non si cela un’accusa di blasfemia, ma la paura nutrita dal Papa nei confronti della sua arte, ritenuta pericolosa poiché veicolo di ideali contrari a quelli della Chiesa; per questo motivo, con grande sprezzo, rifiuta l’offerta. L’Ombra tramortisce l’artista e lo consegna al fratello di Ranuccio Tomassoni, che compie la sua vendetta uccidendolo barbaramente.
L’Arte di Caravaggio tuttavia sopravvivrà, e lui diventerà uno dei pittori più influenti della storia dell’arte.